厦门大学计算机科学系是1982年正式成立的，曾用名为计算机与系统科学系，先后设有计算机软件专业、控制理论专业和系统工程专业；1991年，根据学科发展的需要，分别成立了系统科学系和计算机科学系。1996年获批计算机应用技术专业硕士学位授予权，2003年获批计算机软件与理论和计算机系统结构两个专业的硕士学位授予权，2004年计算机软件与理论这个二级学科被评为福建省重点学科，2001年获批试办示范性软件学院，成为全国35家办软件学院的单位之一。先后获得“211工程”一期、二期和“985工程”一期、二期创新研究平台项目重点建设，对教学、科研以及学科建设产生了巨大的促进作用。现有三个研究所（2002年成立）和一个公共计算机教学部，三个研究所是: 计算机系统结构研究所、计算机软件与理论研究所、计算机应用技术研究所。计算机系统结构研究所的主要研究方向是：现代计算机体系结构、计算机检测与控制技术、医学电子工程、制造业信息化等；计算机软件与理论研究所的主要研究方向是：计算机软件理论、系统软件与软件工程、数据库理论及其应用、信息安全等；计算机应用技术研究所主要从事视频与图像信息处理、交通控制、嵌入式系统应用、网络与信息技术等，其中视频与图像信息处理研究方向是国家“211”工程和“985工程”二期项目立项支持的重点建设方向；公共计算机教学部是为非计算机专业的学生提供计算机应用所必需的知识、能力和素质方面的教育，承担全校理工、人文、经济、艺术各学院各系的公共计算机课程。2005年又重新成立了两个教研室：计算机软件教研室和计算机应用技术教研室，主要负责计算机科学与技术专业教学工作。
计算机科学技术一级学科博士授予点（通过评审，已报国务院学位委员会备案，待公布）；计算机科学技术一级学科硕士授予权单位，涵盖三个二级学科：计算机应用技术，计算机软件与理论，计算机体系结构。招收学术型、专业型工学硕士及计算机应用技术工程硕士。
